A 500 dias da Olimpíada, o governo do Rio não cumpriu nem metade da meta de "coletar e tratar 80% de todos os esgotos" lançados na Baía de Guanabara. Apresentado em 2009 ao Comitê Olímpico Internacional (COI), o compromisso foi anunciado na época como principal 'legado' dos Jogos na área ambiental. Seis anos se passaram e a baía continua recebendo em média 10 mil litros por segundo de esgoto sem tratamento.
Cerca de 4,2 milhões de pessoas ainda vivem sem saneamento básico nos 15 municípios do entorno. O esgoto coletado e tratado representa hoje 35% do total produzido, segundo números obtidos com técnicos da Secretaria do Ambiente. Na Olimpíada, a baía receberá as provas de
iatismo. Para piorar a situação, um programa de recolhimento de lixo flutuante iniciado em 2014 foi interrompido em fevereiro por falta de verba, sob alegação de ineficiência - oficialmente, eram recolhidas em média 50 toneladas por mês.
No início de março, após a interrupção do projeto dos Ecobarcos e Ecobarreiras causar polêmica, o governo anunciou a importação de um programa da Holanda para ajudar na coleta de resíduos sólidos. Entretanto, universidades do Rio têm modelos computacionais semelhantes, que usam informações de correntes marítimas e ventos para prever onde haverá maior concentração de detritos.