A partir da revelação das "pedaladas fiscais", o Ministério Público (MP) junto ao Tribunal de Contas da União (TCU) pediu a abertura de uma investigação na equipe econômica do governo Dilma Rousseff. O TCU acatou e, entre os meses de outubro e dezembro de 2014, os auditores técnicos do TCU levantaram documentos, contratos e ordens de pagamentos do Tesouro Nacional, do Banco Central, da Caixa Econômica Federal, do Banco do Brasil, do Instituto Nacional do Seguro Social (INSS), do Banco Nacional de Desenvolvimento Econômico e Social (BNDES) e dos ministérios da Fazenda, do Trabalho, do Desenvolvimento Social e das Cidades. Foram realizadas entrevistas com servidores de todas essas áreas.

Ao final, o relatório produzido pelos auditores do TCU comprovou as pedaladas fiscais. De fato, o Tesouro tinha transferido com atraso o dinheiro para bancos e autarquias. De posse do relatório técnico, o procurador do MP, Júlio Marcelo de Oliveira, produziu seu parecer concluindo que as pedaladas, agora comprovadas, constituíam crime de responsabilidade fiscal. A Lei de Responsabilidade Fiscal (LRF) proíbe que uma instituição financeira pública (como a Caixa) financie seu controlador (o Tesouro Nacional). Dentre todos os atrasos de dinheiro do Tesouro, o da Caixa foi o mais volumoso e o que caracterizou o crime fiscal, segundo o procurador. Como a Caixa continuou pagando as obrigações do governo, como o programa Bolsa Família e os benefícios do Seguro-Desemprego, ela precisou usar recursos próprios para honrar esses pagamentos. Ao fazer isso, a Caixa "financiou" o Tesouro.

Com o relatório técnico e o parecer do procurador, o caso das "pedaladas fiscais" foi a julgamento no Tribunal de Contas. A sessão, realizada em abril deste ano, terminou com a decisão, unânime, dos ministros do TCU pela condenação do governo. Foi decidido também que 17 autoridades do governo se expliquem e apresentem justificativas para as pedaladas.